Оглавление
QM/ММ
-
Основы моделирования QM/MM
- QM/MM – метод, объединяющий квантовую механику и молекулярную механику для моделирования сложных систем.
- QM описывает квантовые системы, MM – классические системы.
- QM/MM используется для моделирования биомолекул, полимеров и других систем.
-
Проблемы и методы QM/MM
- Сложности в описании взаимодействий между атомами QM и MM.
- Методы включают разделение систем, использование потенциалов и квантовых чисел.
- Методы варьируются от простых механических до сложных электростатических и поляризованных внедрений.
-
Вычислительные аспекты QM/MM
- Вычисления взаимодействий QM-MM могут быть дорогостоящими.
- Методы снижения затрат включают построение сфер вокруг области КМ и оценку взаимодействия атомов ММ.
-
Электростатическое взаимодействие QM-MM
- Механическое встраивание учитывает электростатику на уровне MM, но может быть неточным.
- Электронное встраивание включает одноэлектронные члены в гамильтониан QM.
- Поляризованное встраивание учитывает взаимную поляризацию систем QM и MM.
-
Проблемы, связанные с QM/MM
- Ограничение областей моделирования QM и сложности в соединении систем QM и MM.
- Проблемы с ковалентными связями на границе QM-MM и выбор граничных схем для их решения.
-
Альтернативы QM/MM
- Гореть подход (нейронная сеть буферной области) предложен как альтернатива для уменьшения артефактов между QM и MM.