Молекулярная замена

Молекулярная замена Молекулярное замещение (МР) Метод решения фазовой задачи в рентгеновской кристаллографии   Основан на существовании ранее разгаданной структуры белка   Может […]

Молекулярная замена

  • Молекулярное замещение (МР)

    • Метод решения фазовой задачи в рентгеновской кристаллографии  
    • Основан на существовании ранее разгаданной структуры белка  
    • Может использовать гомологичный белок или ЯМР-структуру  
  • Цель кристаллографии

    • Получение карты электронной плотности  
    • Связь с дифрагированной волной через интенсивность  
    • Потеря информации о фазе при измерении интенсивности  
  • Принципы молекулярной замены

    • Карта Паттерсона для интенсивностей  
    • Межатомная векторная карта с пиками для каждого атома  
    • Корреляция карт Паттерсона для неизвестной и известной структур  
  • Функция вращения

    • Сравнение карт Паттерсона в разных ориентациях  
    • Использование r-коэффициентов и коэффициентов корреляции  
    • Современные программы используют алгоритмы максимального правдоподобия  
  • Функция перевода

    • Приведение известной модели к правильным координатам  
    • Перемещение модели и вычисление новой карты Паттерсона  
    • Использование функций быстрого перевода  
  • Использование новых предсказанных структур

    • Протоколы MR-Rosetta, QUARK, AWSEM-Suite и I-TASSER-MR  
    • Генерация множества нативных структур-приманок  
  • Следующий шаг

    • Получение правильно ориентированных и переведенных фазовых моделей  
    • Выведение фаз для составления карт электронной плотности  
    • Построение и уточнение атомной модели неизвестной структуры  
  • Рекомендации

    • Phaser и Molrep как популярные программы молекулярной замены  
    • Статья Phaser на PDBe как полезное введение в тему  

Полный текст статьи:

Молекулярная замена

Оставьте комментарий

Прокрутить вверх