Молекулярная замена
-
Молекулярное замещение (МР)
- Метод решения фазовой задачи в рентгеновской кристаллографии
- Основан на существовании ранее разгаданной структуры белка
- Может использовать гомологичный белок или ЯМР-структуру
-
Цель кристаллографии
- Получение карты электронной плотности
- Связь с дифрагированной волной через интенсивность
- Потеря информации о фазе при измерении интенсивности
-
Принципы молекулярной замены
- Карта Паттерсона для интенсивностей
- Межатомная векторная карта с пиками для каждого атома
- Корреляция карт Паттерсона для неизвестной и известной структур
-
Функция вращения
- Сравнение карт Паттерсона в разных ориентациях
- Использование r-коэффициентов и коэффициентов корреляции
- Современные программы используют алгоритмы максимального правдоподобия
-
Функция перевода
- Приведение известной модели к правильным координатам
- Перемещение модели и вычисление новой карты Паттерсона
- Использование функций быстрого перевода
-
Использование новых предсказанных структур
- Протоколы MR-Rosetta, QUARK, AWSEM-Suite и I-TASSER-MR
- Генерация множества нативных структур-приманок
-
Следующий шаг
- Получение правильно ориентированных и переведенных фазовых моделей
- Выведение фаз для составления карт электронной плотности
- Построение и уточнение атомной модели неизвестной структуры
-
Рекомендации
- Phaser и Molrep как популярные программы молекулярной замены
- Статья Phaser на PDBe как полезное введение в тему