Силовое поле (химия)
-
Основы молекулярной динамики
- Молекулярная динамика — это метод компьютерного моделирования, который описывает движение молекул в пространстве и времени.
- Моделирование включает в себя расчет сил, действующих между атомами, и их влияние на движение молекул.
-
Силовые поля в молекулярной динамике
- Силовые поля используются для расчета сил между атомами и молекулами.
- Существует множество различных силовых полей, каждое из которых имеет свои особенности и ограничения.
-
Типы силовых полей
- Классические силовые поля основаны на классических уравнениях механики и используются для моделирования малых молекул.
- Поляризуемые силовые поля учитывают поляризуемость атомов и молекул, что важно для биомолекул.
- Гибридные силовые поля сочетают квантово-механические расчеты с эмпирическими параметрами.
-
Примеры силовых полей
- AMBER — широко используется для моделирования белков и ДНК.
- CHARMM — применяется для малых и макромолекул, включая биомолекулы.
- COSMOS-ЯМР — адаптирован для различных соединений, включая биомолекулы, с использованием ЯМР-данных.
- ECEPP — разработан для моделирования пептидов и белков, сфокусирован на углах кручения.
- GROMOS — универсальный пакет для моделирования биомолекулярных систем.
- IFF — охватывает широкий спектр соединений, включая металлы и полимеры.
- MMFF — разработан для точного воспроизведения ковалентной геометрии молекул.
- OPLS — оптимизирован для моделирования жидкостей, включая биомолекулы.
- QCFF/PI — общие силовые поля для сопряженных молекул.
- UFF — универсальное силовое поле для всей периодической таблицы.
-
Поляризуемые силовые поля
- Поляризуемые силовые поля учитывают поляризуемость атомов и молекул.
- Примеры включают модели «ядро-оболочка» и поляризуемые биомолекулярные силовые поля.
-
Янтарно-поляризуемые силовые поля
- Янтарно-поляризуемые силовые поля разработаны для учета поляризуемости атомов.
- Примеры включают AMOEBA и CHARMM.
-
Гибридные силовые поля
- Примеры включают COSMOS-ЯМР и NEMO.
- Пересказана только часть статьи. Для продолжения перейдите к чтению оригинала.