Индекс фиксации
-
Определение и интерпретация FST
- FST измеряет генетическую дифференциацию популяции.
- Значения варьируются от 0 до 1, где 0 означает панмиксию, а 1 — полную дифференциацию.
- FST не является расстоянием в математическом смысле.
-
Определение FST
- FST определяется как разность частот аллелей в популяциях или вероятность идентичности по происхождению.
- FST можно интерпретировать как долю общего разнообразия, не объясняемую средним разнообразием внутри субпопуляций.
-
Оценка FST
- На практике величины, используемые для определения FST, трудно измерить.
- Предложены различные оценки, такие как среднее число попарных различий между особями.
- Наиболее широко используемые методы: оценка по Weir & Cockerham и анализ молекулярной дисперсии.
-
FST у людей
- Значения FST сильно зависят от выбора популяций.
- Близкородственные группы имеют низкие значения, а сильно различающиеся — высокие.
- Генетическая дистанция 0,125 эквивалентна родству между единокровными братьями и сестрами.
-
Генетические дистанции в человеческих популяциях
- Кавалли-Сфорца и соавторы представили оценки генетических расстояний между популяциями.
- Наибольшая дистанция между пигмеями мбути и жителями Папуа-Новой Гвинеи (0,4573).
- Среднее генетическое расстояние между 861 парой популяций составляет 0,1338.
-
Программы и инструменты для расчета FST
- Арлекин, Фстат, СМОГ, Разнообразие, hierfstat, FinePop, Микроспутниковый анализатор.
- Виртуальные инструменты: ДННАСП, Популяция2.
- Модули для расчета FST: Биоперля, Биопитон.